耶路撒冷位于地中海和死海之间，是史前的全球宗教重镇，也是完整保留人类信仰文明演进史的一个历史城市。耶路撒冷同时是犹太教、基督教和伊斯兰教三大亚伯拉罕宗教的圣地。自公元前10世纪，所罗门王建成第一圣殿起，耶路撒冷一直是犹太教信仰的中心和最神圣的城市，昔日圣殿的遗迹西墙，仍是犹太教最神圣的所在。基督徒也相当重视耶路撒冷，因为根据《圣经》记载，耶稣在这里受难、埋葬、复活、升天。伊斯兰教亦将耶路撒冷列为麦加、麦地那之后的第三圣地，以纪念穆罕默德的夜行登霄，并在圣殿山上建造2座清真寺——阿克萨清真寺和圆顶清真寺来纪念这一事件。
自1967年第三次中东战争之后，以色列控制了全部的耶路撒冷地区，包括西耶路撒冷和东耶路撒冷，以及老城区。以色列和巴勒斯坦都声称耶路撒冷是他们的首都，因为以色列坚称这里是他们主要的政府机构，而巴勒斯坦则称预见这座城市是他们的政权所在地。不过，这两个声称在国际社会上都没有得到广泛的承认，该市的最终地位也被认为尚未确定，有待以色列和巴勒斯坦双方谈判决定。多数国家都将大使馆设在特拉维夫。今天耶路撒冷仍然是以巴冲突的中心。以色列现行政区划上设耶路撒冷区，面积652平方公里，只有一个分区，即耶路撒冷分区。
2017年，耶路撒冷市区面积为126平方公里，人口约900,000人，这两项指标均居以色列和巴勒斯坦各城市之首。今天的耶路撒冷，是一个对比强烈的城市。不同文化、不同宗教、不同民族、社会不同阶层，同处一城；城市的东西两部分截然不同，发展水平悬殊。老城雅法门以西的西耶路撒冷（1967年以前属于以色列的市区）是现代以色列的核心地带以特拉维夫为中心的区域，而老城及其东、北、南三面的东耶路撒冷（1967年后以色列占领的争议区域）则以巴勒斯坦人为主。最特别的地方是面积只有1平方公里，被一圈城墙所围绕的耶路撒冷老城[11]，其中又分为4个宗教与种族聚居区：犹太区、基督徒区、亚美尼亚区和穆斯林区。耶路撒冷最重要的也引起重大争议的宗教圣地，均位于此处：犹太教的西墙和圣殿山、穆斯林的圆顶清真寺和阿克萨清真寺，以及基督徒的圣墓教堂和苦路。
耶路撒冷名称的来源尚无法确定。在希伯来语中一个比较普遍的解释是它将《圣经》里两个城市的名字结合在一起：耶布斯（Jebus）和撒冷（Salem，意“和平”）。耶布斯是希伯来人来到当地之前，迦南人为该城所起的名字；而撒冷这个地名出现在《创世纪》14章，是大祭司麦基洗德的住处，他为来到这里的亚伯拉罕祝福。在阿拉伯文中耶路撒冷的名称的意思是圣地字面意思也是圣人之家即圣地。
考古发现显示，今天的耶路撒冷的开发可以追溯到公元前四千年。关于该市最早的文字记载见于主前19世纪的埃及诅咒祷文和主前14世纪的阿马尔奈文书。大约在公元前1000年，大卫王率领以色列人屠杀耶布斯人，夺取该城，向南扩建城市并定都于此，更改成今天的名称“Yerushalayim（耶路撒冷）。他将约柜迁到耶路撒冷并为约柜建立会幕，还想进一步建造圣殿，却被耶和华的先知拿单所阻止。
第一圣殿时期
大卫城：大卫的统治结束于前970年，他的儿子所罗门继承王位。在《列王纪上》第五章至第六章记载，所罗门在即位后第四年开始，花费十年时间在城内建造第一圣殿。所罗门圣殿所在的地方是最后确知的约柜所在的地方，后来在犹太人历史中一直具有重要地位，也是犹太人崇拜的焦点。这座圣殿采用来自推罗的岩石及香柏建造，成为当地最重要的礼拜地，并取代其他地方的祭坛。到“第一圣殿期”末，这座圣殿成为全国唯一的宗教场所和朝圣的中心。
此后的400年（直到前586年所罗门圣殿被毁）被称为第一圣殿时期，这一时期开始于所罗门去世（前930年），北方10个支派分裂出去，成立以色列王国（首都位于撒马利亚）。在大卫和所罗门后裔的统治下，耶路撒冷仍然是南方犹大王国的京城，长达300多年。前722年，亚述帝国征服北方的以色列王国。前607年，新巴比伦帝国国王尼布甲尼撒二世攻破耶路撒冷，年轻的国王约雅斤和大多数贵族均被掳到巴比伦囚禁。在西底家的领导下，耶路撒冷反抗巴比伦的占领，前588年尼布甲尼撒二世率领大军围攻耶路撒冷。18个月后，巴比伦军队占领并摧毁这座城市，城墙被毁，圣殿被焚，圣殿中大批的金银器皿则被带到巴比伦。尼布甲尼撒俘获西底家，在他眼前杀了他的众子，并且剜了西底家的眼睛，用铜链锁着带到巴比伦。
第二圣殿时期
前538年，巴比伦之囚70年后，波斯帝国居鲁士大帝消灭新巴比伦帝国，允许犹太人回到犹太地重建耶路撒冷圣殿，圣殿重建工程在前515年3月，也就是第一圣殿被毁70年后完成。接着尼希米又重新修建耶路撒冷城墙，使城市又恢复繁荣。此后600年间，犹太地先后是波斯帝国、希腊和罗马帝国的一个省份，耶路撒冷则是犹太省的首府。在罗马帝国统治的前期，曾委任代理王大希律王进行统治，大希律王在位时扩建了圣殿。公元6年，犹太地直接归属罗马帝国统治。公元33年，耶稣在时任罗马驻犹太总督彼拉多任内被钉十字架。
大约在两千年前，神子耶稣（Jesus）在世间传法，因为信奉者越来越多而触怒了当时的犹太教势力，从而被犹太教所仇视，一些犹太教上层人物想要抓住耶稣并杀害他。这时耶稣却返回了犹太教的圣地——耶路撒冷（Jerusalem）。耶稣此时已经预见到自己将要被坏人钉死在十字架上，以及这之后犹太民族将要因此而承受的苦难。
在耶路撒冷，耶稣和门徒们一起游览了耶路撒冷圣殿。当耶稣和门徒们一起走出耶路撒冷圣殿时，门徒们还在回味着圣殿的金碧辉煌。耶路撒冷圣殿是从所罗门（Solomon）时代开始建造的，但在公元前586年被巴比伦（Babylon）破坏。公元前515年，圣殿重建开始，重建后的圣殿被称为第二圣殿。在耶稣的时代，门徒们所看到的圣殿入口有高达40尺的大理石柱子。圣殿是以美丽的大理石修建，屋檐是金色的，大部分门面被黄箔包裹，受到阳光照耀时那灿烂的模样难以形容。
门徒看到圣殿美丽的大理石和雄伟的建筑，非常激动。有一个门徒对他说：“夫子，请看。这是何等的石头，何等的殿宇！”然而耶稣却说：“你看见这大殿宇吗？将来在这里没有一块石头留在石头上，全被拆毁了。”对看见圣殿就惊叹的门徒，耶稣说出了令人吃惊的预言：“就是雄伟的耶路撒冷圣殿，将来没有一块石头留在石头上，整个圣殿会被彻底毁坏，成为一片废墟。”
随后，耶稣又预言了圣殿被毁灭的时间：“你们看见耶路撒冷被兵围困，就可知道他成荒场的日子近了；那时，在犹太的应当逃到山上，在城里的应当出来，在乡下的不要进城，因为这是报应的日子”；“因为将有大灾难降在这地方，也有震怒临到这百姓；他们要倒在刀下，又被掳到各国去”。这段话被耶稣的信徒们牢牢记在心里。
不久，耶稣在耶路撒冷城外橄榄山麓的被抓捕，被带到犹太教大祭司和犹太教最高评议会（Sanhedrin）面前，遭到非法审判；最后被交给罗马帝国派驻当地的总督本丢･彼拉多（Pontius Pilate 26－36年在任），让他来决定耶稣的命运。彼拉多不同意犹太教最高评议会做出的关于处死耶稣的决定，不想审判耶稣，便把耶稣移交给分封王希律，希律又将耶稣退还彼拉多。耶稣被送回后，彼拉多宣布其无罪，欲释放他。但在犹太教，以及被煽动的犹太民众的强大压力下彼拉多最终还是判处了耶稣死刑。
耶稣死后，他的预言真的应验了，西元70年，犹太人反抗罗马帝国，罗马大军围困耶路撒冷，很多犹太人都赶回来抵抗。耶路撒冷城中少粮，又有瘟疫，死的人不计其数。据说，一夜之间，就有四万具尸体被扔出城外。犹太人虽然苦守，耶路撒冷最后还是失守。罗马人攻入耶路撒冷，他们用一把火烧毁了整个圣殿。后来罗马大军发现许多的金、银，都融解在大火中，渗入石头缝里面，所以罗马将军就下一个命令：把所有的金、银，从石头缝中挖出来，所以他们拆毁了每一块石头。结果，一点都不错的应验了耶稣的预言：“将来在这里没有一块石头留在石头上”，整个圣殿被彻底催毁，变为废墟。
这一仗据说犹太人共死伤了一百万人，活下来的犹太人都被俘掳为奴，分散到各国，这也正应验了耶稣的预言：“因为将有大灾难降在这地方，也有震怒临到这百姓；他们要倒在刀下，又被掳到各国去”同时还有另外一个惊人的事实：在这一百多万遇难者中，没有一个是基督徒。原因何在？因为耶稣的信徒们牢牢记住了耶稣的预言：“你们看见耶路撒冷被兵围困，就可知道他成荒场的日子近了；那时，在犹太的应当逃到山上，在城里的应当出来，在乡下的不要进城，因为这是报应的日子”。
当基督徒们看到罗马大军到来时，全部听从了耶稣的话语：在城里的没有一个留在耶路撒冷，乡下的也没有一个进城，他们全部逃了出去。有的逃到了山上，有的逃到约旦河东，有的逃到其它地方。所以，当耶路撒冷人死于饥荒、瘟疫和战争时，唯独相信耶稣的人平平安安。
公元66年，一次反抗罗马帝国的起义失败后，罗马军队围困耶路撒冷，但是很快撤军。犹太人本以为危机已经过去，不想公元70年，提多将军率领的罗马大军再次围困耶路撒冷达4个月25天之久，罗马军队利用先进的装备和攻城设施系统地拆除城墙，入城后拆毁了殿（只剩下部分墙基，即西墙）。由于正值犹太人的一个大型节日，城内粮食很快消耗殆尽，甚至出现人吃人的现象，围困其间有大约110万人丧生，97000犹太人被俘虏，很多被卖到埃及成为奴隶。到大约130年耶路撒冷没有人居住，之后罗马皇帝哈德良重建耶路撒冷城，但是作为惩罚措施，下令在希伯来历埃波月九日，即耶路撒冷遭新巴比伦帝国和罗马帝国两次攻陷的周年记念日（恰巧是同一日），将耶路撒冷彻底铲平，在原址新建罗马城市爱利亚加比多连（Aelia Capitolina），圣殿山上另建罗马神庙；同时将所有犹太人赶出巴勒斯坦，禁止犹太人在耶路撒冷居住。400年间，犹太人不准进入耶路撒冷。
中世纪时期
第一次十字军攻占耶路撒冷：此后的5个世纪中，该市一直在罗马帝国和拜占庭帝国的统治之下。4世纪，东罗马帝国皇帝君士坦丁一世控制该市期间，耶路撒冷变成一个天主教中心，建造圣墓教堂。当时，虽然仍然禁止犹太人居住耶路撒冷，但他们已经开始在每年的埃波月九日来到西墙前哭泣。在罗马帝国分裂后的拜占庭帝国统治下，这座城市在天主教势力中得到很好的保护。当时在宗教方面相对宽容，从5世纪开始，犹太人重新被允许住在耶路撒冷。
614年，波斯萨珊王朝从东罗马帝国手中占领安条克、包括耶路撒冷和周边地区。638年，阿拉伯帝国占领圣地耶路撒冷。在691年，阿拉伯哈里发阿卜杜勒-马利克在登霄石，即圣殿山圣殿的原址上建造圆顶清真寺（萨赫拉清真寺）。传说在这个地方亚伯拉罕准备以他的儿子作奉献祭，《圣经》上记载他奉献的是小儿子以撒，穆斯林认为他奉献的是大儿子以实玛利。三个世纪后他们又在这里建造阿克萨清真寺。在穆斯林统治初期，在宗教上比较宽容，住在耶路撒冷的基督徒和犹太人在缴纳人头税后，可以获得自治权。但1010年，埃及的法蒂玛王朝哈里发哈基姆下令摧毁耶路撒冷所有的基督教堂和犹太会堂。
1071年塞尔柱帝国在曼齐刻尔特战役中大胜拜占庭，两年后（一说五年后）再从法蒂玛王朝手中夺得耶路撒冷，于是教宗乌尔班二世在欧洲号召十字军为基督徒夺回圣城。1099年，第一次十字军包围了耶路撒冷，一个多月后的7月15日，耶路撒冷被十字军攻占。十字军进城后，屠杀了城内大多数穆斯林和犹太人，并在这里建立了耶路撒冷王国，穆斯林不准入城。1173年，一个来到耶路撒冷的人写到，耶路撒冷是一座小城市，充满了东正教教徒、亚美尼亚人、希腊人和格鲁吉亚人，只有200名犹太人住在城市的一角。
1187年，埃及穆斯林苏丹萨拉丁又重新占领耶路撒冷。1219年，大马士革的苏丹下令将城墙销毁。1228年-1229年，神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世组织第六次十字军东征，通过与埃及签定条约，重新得到耶路撒冷。1239年，他开始重建城墙，但不久它们又被拆毁。1243年，基督徒再次占领耶路撒冷，又重建城墙。1244年，被蒙古亡国的花剌子模王朝在逃亡途中占领耶路撒冷，1247年，花剌子模被埃及人驱逐。1248年—1254年，教皇英诺森四世发动第七次十字军，但无法夺回耶路撒冷。
1253年，蒙古第三次西征，击破多个伊斯兰国家，1260年，蒙古军入侵巴勒斯坦，消灭阿尤布王朝，到达加沙，而一些历史学者认为蒙古人的侵掠延伸至耶路撒冷城内，另一些人认为该城未有被攻下，甚至没有被围城。后来埃及马木留克王朝在阿音札鲁特战役中击败西征之蒙古军并夺取耶路撒冷，该城的犹太人不得不逃到周围的村庄避难。1291年耶路撒冷王国的最后一个据点阿卡城被马木留克人攻陷，耶路撒冷王国不复存在。
奥斯曼土耳其帝国时期
1833年耶路撒冷地图：1517年，奥斯曼帝国占领耶路撒冷，他们控制该城市直到20世纪[38]，这时耶路撒冷重新开始繁荣，城墙和老城也被重建，城内任何宗教都可以存在，但奥斯曼帝国后来的无能统治机构使耶路撒冷的经济陷入缓慢的衰退。到18世纪60年代，耶路撒冷的面积只有1平方公里，但已经拥挤不堪。居民开始在城墙外建新城。俄罗斯东正教会在城门外建造一幢大楼。首先开始在城外建造的当地居民是犹太人。其他人模仿他们的榜样开始在城外西部和北部建造新的居民区。最后，这些居民区不断扩大，连接到一起，成为新城。
自羅姆蘇丹國於1300年左右滅亡後，位於黑海和地中海間的安那托利亞高原上，分裂出多個獨立國家，統稱為安納托利亞侯國。在1300年，衰弱的東羅馬帝國失去了對安那托利亞地區的控制，該地區由埃爾圖魯爾加齊之子奧斯曼一世率領的侯國統治，掌領安那托利亞西部的埃斯基謝希爾。奧斯曼一世將其國境擴張至東羅馬帝國的邊境，並攻下後來的首都布爾薩，奧斯曼一世因而得到喀喇（Kara）的稱號。奧斯曼一世被廣泛地認為是強而有力的領袖，即使在他逝世後，仍流傳著一句有數百年歷史的土耳其諺語："他可能強如奧斯曼"。中古土耳其故事"奧斯曼之夢"亦顯揚了他的名聲，那是一個關於奧斯曼在年輕時預見奥斯曼帝國征服各國的神話。在他在位時，一個正式的奥斯曼政府設立起來，其後這個政府在帝國時期經歷了劇烈的轉變。此外，政府設立法律實體，稱為米利特，各宗教派別及少數民族可在米利特底下享有一定程度的自治。
奧斯曼一世逝世後，奥斯曼帝國的統治擴張至地中海東部及巴爾幹地區。1387年，威尼斯人治下的重鎮塞薩洛尼基被奥斯曼帝國攻陷。1389年，奥斯曼帝國在科索沃戰役的得勢導致塞爾維亞在巴爾幹半島的統治結束，去除了奥斯曼帝國進軍歐洲的屏障。1396年的尼科波利斯戰役被視為中世紀最後一次大規模十字軍東征，但未能阻止奥斯曼帝國繼續擴張。土耳其人在巴爾幹半島的領土持續擴張，而進攻君士坦丁堡是奥斯曼帝國的關鍵目標。君士坦丁堡的周邊地區幾乎已全部落入奥斯曼帝國手中。1402年，帖木兒入侵安那托利亞，蘇丹巴耶塞特一世在安哥拉之戰兵敗被擒，使東羅馬帝國得以苟延殘息。1402年後，奥斯曼帝國對其佔據的部分巴爾幹地區暫時失去控制，在1430至1450年代間穆拉德二世在位時恢復對該地區的控制。
巴耶塞特一世的被俘使土耳其人方寸大亂，巴耶塞特一世的兒子們為了爭奪帝位，在1402年至1413年爆發內戰。穆罕默德一世繼位為蘇丹，結束了爭位戰爭，標誌著大空位期的結束。穆罕默德一世的孫兒穆罕默德二世重組國家及軍事結構，並在1453年5月29日攻陷君士坦丁堡，當時的穆罕默德二世年僅21歲。君士坦丁堡成為奥斯曼帝國的新首都，並開始使用羅馬皇帝的名號，但希臘及西歐都不承認穆罕默德二世負有這名號，而俄國沙皇也聲稱是東羅馬帝國的後繼者。為了鞏固其名號，穆罕默德二世希望可以奪取羅馬。1480年，奥斯曼帝國佔領奧特朗托及普利亞，並深入義大利半島，但穆罕默德二世在1481年5月3日逝世，中止了奥斯曼帝國的遠征。
奥斯曼帝國在1453年征服了君士坦丁堡，穩固了帝國作為歐洲東南部及地中海東部地區霸主的地位，接下來帝國進入了漫長的征服擴張期，將疆域擴至歐洲及北非。奥斯曼帝國的陸上擴張主要倚靠其軍事革新及軍紀，而其海軍亦對其征服活動起了重要的作用，在義大利城邦及葡萄牙人手裡爭奪及保障了黑海、愛琴海、地中海、紅海及印度洋的遠航路線。由於奥斯曼帝國握有歐亞之間主要的陸路貿易路線，帝國的經濟因而蓬勃發展。奥斯曼帝國對西歐及亞洲間貿易的壟斷經常被引證為西班牙女王支持克里斯多福·哥倫布西航尋找亞洲海路的主要原因。1492年前已有人推測地球是圓的，然而哥倫布卻是第一位發現了可縮短需經奥斯曼帝國往亞洲貿易的危險路線的方法。
奥斯曼帝國在一些賢能蘇丹的統治下繁榮興盛。塞利姆一世在位時致力於向東及向南擴張，於1514年查爾迪蘭戰役擊敗了伊斯邁爾一世治下的薩非王朝。1517年，奥斯曼帝國消滅埃及馬木留克王朝，其海軍勢力亦擴至紅海。此後，奥斯曼帝國及葡萄牙帝國成為了地區最具支配地位的勢力。繼後的蘇萊曼一世並沒有停止征服步伐。1521年，奥斯曼帝國攻陷貝爾格勒，其後征服了匈牙利王國，並在現今匈牙利及中歐的所在地建立奥斯曼帝國屬匈牙利（OttomanHungary）。1526年，土耳其人在第一次摩哈赤戰役得勝，並於1529年發動維也納之圍，但由於冬季的來臨而被迫撤退。1532年，奥斯曼帝國舉兵逾25萬再次進攻維也納，但在維也納以南的克塞格被擊退。
1543年，奥斯曼帝國繼續進逼，哈布斯堡王朝的統治者斐迪南一世在1547年正式承認奥斯曼帝國對匈牙利的宗主權。在蘇萊曼一世治下，特蘭西瓦尼亞、瓦拉幾亞及反覆無常的摩爾多瓦都成為帝國的附屬國，須向帝國納貢。在東面，奥斯曼帝國在波斯人手裡奪取巴格達，得以掌控美索不達米亞及波斯灣，開啟了300多年的奥斯曼-波斯戰爭。在蘇萊曼一世統治時期的末段，帝國的總人口多達1,500萬人。
1538年，巴巴羅薩·海雷丁於普雷韋扎戰役擊敗查理五世的神聖聯盟。在塞利姆一世及蘇萊曼一世時期，帝國擁有強大的海軍力量，能控制地中海大部分地區。帝國海軍司令巴巴羅薩·海雷丁在蘇萊曼一世時期帶領奥斯曼帝國海軍多次擊敗基督教國家的海軍，包括征服了西班牙的突尼西亞及阿爾及利亞。奥斯曼海軍協助穆斯林及猶太人在西班牙宗教裁判所時期逃離西班牙，並護送他們抵達奥斯曼帝國。1543年，奥斯曼海軍佔領神聖羅馬帝國的尼斯，這是由法國國王弗朗索瓦一世促成的。法國及奥斯曼帝國因與哈布斯堡王朝於中歐及南歐的敵對而聯合起來，成為當時的強大聯盟，這是一個軍事及經濟聯盟，奥斯曼帝國允許法國可在帝國內貿易而免收徵稅。事實上，當時的奥斯曼帝國是歐洲相當重要及受接納的政體，帝國與法國、英格蘭王國及荷蘭共和國締結軍事同盟，對抗西班牙哈布斯堡王朝、義大利及奧地利大公國。
隨著16世紀的發展，奥斯曼帝國的海軍力量受到冒起的西歐勢力挑戰，特別是在波斯灣、印度洋及摩鹿加群島一帶受到葡萄牙威脅。由於奥斯曼帝國封鎖了向南及向東的海路，歐洲各國只得另覓路徑。在陸上，奥斯曼帝國被奧地利的戰爭及波斯這兩條戰線困擾，維持戰爭所需的資源、後勤補給及通訊因距離過遠而變得困難，使海軍無法維持。
伊斯蘭教不是從興起之時便立即流行於土耳其人或突厥民族，阿拔斯王朝在751年對中國唐朝的怛羅斯戰役中取得勝利，但沒有強迫突厥人放棄其所信奉的薩滿教和佛教，從而確保阿拔斯王朝在中亞的影響力。只是在戰後，許多突厥部落，包括塞爾柱王朝及奥斯曼王朝的祖先烏古斯人在往後幾個世紀才漸漸轉改奉伊斯蘭。在十一世紀，他們將這種宗教帶入安那托利亞。
奥斯曼帝國容許基督徒及猶太人（古蘭經所說的“有經人”）保持原有信仰，而不接納多神教，與沙里亞法規一致。奥斯曼帝國會向非穆斯林徵收吉茲亞稅。在米利特制度下，非穆斯林人和穆斯林一樣都是帝國的臣民，但不受伊斯蘭信仰及法律約束或管制，例如東正教米利特受民法大全約束，民法大全早在拜占庭帝國時實施了九百年。作為帝國最大的非穆斯林族群，東正教米利特在政治及商業上能享有特權，但須繳納較穆斯林為高的稅項。
1453年，穆罕默德二世征服君士坦丁堡後允許當地的基督徒留居，並運行他們原有的體制，如君士坦丁堡普世牧首。1461年，穆罕默德二世設君士坦丁堡亞美尼亞牧首。在此前，拜占庭帝國視亞美尼亞教會為異端，禁止他們在君士坦丁堡城牆內興建教堂。1492年，摩爾人及塞法迪猶太人被西班牙宗教裁判所驅逐出西班牙，奥斯曼帝國蘇丹巴耶塞特二世派遣以凱馬爾·列伊斯（Kemal Reis）為首的艦隊護送他們，並讓他們在奥斯曼帝國定居。
奥斯曼帝國與君士坦丁堡東正教教會的關係大致和平，縱使偶爾也會有一些針對希臘教會的壓迫性政策。教會的組織制度依舊不變，在緊密的監督下可獨自行事，除了1821年至1831年爆發的希臘獨立戰爭及十九世紀初奥斯曼帝國君主立憲的崛起。其他的東正教教會，如保加利亞東正教教會，被解散並將其置於希臘教會的管轄，直到1870年阿布杜勒阿齊茲設立保加利亞主教，並恢復保加利亞教會的自治權。奥斯曼帝國的猶太人社區亦有設立米利特，歸哈克哈姆·巴斯（Haham Başı，猶太人教會領袖）或首席拉比所管；亞美尼亞教會社區則歸一名總主教所管，其他社區亦然。
近代：19世纪初，耶路撒冷只有不足8000人口，但依然是一个对犹太教、基督教和伊斯兰教都很重要的城市。城市居民分四个部分：犹太人、基督徒、穆斯林和亚美尼亚人。犹太人主要住在哭墙上方的山坡上（东南），基督徒主要住在圣墓教堂附近（西北），穆斯林主要住在圣殿山附近（东北），亚美尼亚人主要住在西南。虽然这个分化并不绝对，但后来它是英国管理时期（1917年至1948年）将城市分为四个区的基础。各大宗教内部又包括许多教派，比如圣墓教堂同时归希腊东正教、罗马天主教、亚美尼亚教会、埃及教会和埃塞俄比亚教会使用，各教派之间互相冲突，以至于圣坛的钥匙要交给一个中立的伊斯兰家庭保管。
19世纪，耶路撒冷发生一些对这座城市产生长期影响的变化，它们的影响一直延伸到今天，而且是巴勒斯坦人与以色列对耶路撒冷争执的根本。首先是从沙皇俄国、东欧和中东，不断有犹太人为逃避宗教迫害而移居这里，这改变城市内人群的分配比例。最早的移民是极端正统派的犹太人，其中有一些是老人，他们回到这里，准备死后安葬在橄榄山上；另一些是年轻的学生，他们随同家庭到这里来，等待救世主的来临。与此同时，趁着奥斯曼帝国的衰落，欧洲殖民国家开始将它们的影响伸向耶路撒冷。这也是一个基督教复苏的时期，许多基督教派派传教士来到耶路撒冷来转化穆斯林和犹太人，他们相信这可以加速耶稣再次降临人间。最后，欧洲殖民主义与宗教热诚也引起考古学家对《圣经》中所描述的地区，尤其是对耶路撒冷发生兴趣。一些考古队做了一些很引人瞩目的发现，这就更加引起人们对耶路撒冷的兴趣。
英国托管时期（1917-1948）在第一次世界大战后期的1917年，英军中东总司令艾伦比将军向土耳其发动总攻，取得耶路撒冷战役的胜利，占领该城。当1917年12月11日英军占领耶路撒冷时，新城已经形成一片错综复杂的居民区群，每个居民区有一个不同的种族构成。在英国统治下，这个发展继续下去，最后，老城区演变为一个贫穷的老居民区。英国人规定耶路撒冷的建筑外表必须是沙岩做成的，来保护城市原貌。
1922年国际联盟批准贝尔福宣言，委托英国托管此地，巴勒斯坦从此成为一个正式的名称。英国并帮助在该地区建立一个犹太国家。托管时期该市西部和北部建起了新的花园郊区，并且建立高等教育机构，如希伯来大学创建于1925年。
随着犹太移民的增加，他们和阿拉伯人的冲突也逐渐升级。在第二次世界大战前夕的1939年，英国公布巴勒斯坦白皮书停止犹太人的移民，限制犹太人购买阿拉伯人的土地，准备把巴勒斯坦逐步移交给一个阿拉伯人占多数的当地政府，犹太人可在该政府管辖下高度自治。但是到战后，由于从德国集中营里解放出来的几十万犹太囚徒偷渡来到巴勒斯坦的压力增加，英国既无法妥善处理阿以矛盾，而拒绝接受犹太人大屠杀幸存者又遭到国际舆论的一致谴责，同时犹太人针对英国的暴力活动迅速升级，于是，在1947年2月15日，英国被迫宣布把巴勒斯坦问题转交联合国处理。在进行调查以后，11月29日的联合国大会辩论巴勒斯坦问题，以33票对13票通过分立建国方案，对于耶路撒冷，则计划成立一个联合国管理下的特别国际政权，即不属于犹太人国家也不属于阿拉伯人国家的一部分，不过这个计划从未实现。1948年5月14日以色列宣布建国时，第一次中东战争爆发，战争结束时，耶路撒冷西部被新成立的以色列国占领，而东耶路撒冷被约旦占领。除英国和巴基斯坦外，其他国家都没有承认约旦对耶路撒冷东部和西岸的占领。1949年，以色列和约旦签订停战协定，划定的停火线穿过耶路撒冷的市中心。此后直到1967年，东西耶路撒冷分别属于约旦和以色列。1950年，以色列定都西耶路撒冷。同年，东耶路撒冷和约旦河西岸地区被正式合并入约旦王国， 许多阿拉伯人持有约旦国护照， 并保留至今。
1967年六日战争中，以色列夺取西墙，犹太人两千年后再次控制西墙。在1967年六日战争中，以色列占领耶路撒冷东部，立刻开始将整个城市归入以色列控制。它占领了6.4平方公里的原约旦的耶路撒冷和64平方公里的西岸并将这块地方改名为“东耶路撒冷”。被占领地区的居民假如自愿放弃他们的约旦国籍的话可以获得以色列国籍，但大多数人没有接受这个待遇，但是为以色列国的合法永久居民。战后以色列又允许投降的约旦人回到耶路撒冷，管理圣殿山的清真寺, 但周围有武装的以色列军警维持治安。1980年以色列国会制定《基本法：耶路撒冷—以色列的首都》，确定耶路撒冷是以色列“永远的与不可分割的首都，而巴勒斯坦自治政府也宣布东耶路撒冷将成为未来巴勒斯坦国的首都。
耶路撒冷是犹太教、基督教和伊斯兰教，三大宗教的圣城。广义上的伊斯兰教和基督教信徒占据世界人口的将近一半，耶路撒冷因此成为举世瞩目的最重要城市之一。耶路撒冷在3个亚伯拉罕宗教— 犹太教、基督教和伊斯兰教以及其他许多较小宗教团体。2000年耶路撒冷统计年鉴显示，耶路撒冷拥有1204座犹太会堂、158座教堂和73座清真寺。不过，耶路撒冷既是宗教之间和平共存的港湾，也引起许多争论，特别是关于圣殿山。
圣殿山航拍图。中间金顶为岩石圆顶清真寺。自从前10世纪，所罗门圣殿在耶路撒冷建成，耶路撒冷一直是犹太教信仰的中心和最神圣的城市。耶路撒冷对于犹太教的象征价值始终未变。被毁前的耶路撒冷圣殿内的至圣所藏有约柜，是犹太教最神圣的所在，只有大祭司一人才有资格一年一次进入至圣所。而以色列全体男丁必须一年三次来到耶路撒冷（逾越节、住棚节和五旬节），过宗教节日。今天，全世界的犹太会堂祈祷时仍要面朝耶路撒冷，建筑如果可能也设计成朝向耶路撒冷，朝向至圣所所在的地方公元70年圣殿被罗马人夷平，仅留下部分圣殿山西侧挡土墙。西墙，作为第二圣殿的残迹，因此成为犹太教除圣殿山以外最神圣的地点。
圣墓教堂大门：基督教尊敬耶路撒冷，不仅因为它在旧约中扮演的角色，更因为耶路撒冷是耶稣受难、埋葬和复活的地方。耶稣教导拜神要靠心灵和诚实，“不在这山上，也不在耶路撒冷”。根据福音书记载。耶稣在出生后不久就被带到耶路撒冷，耶稣12岁时就曾随父母上耶路撒冷守逾越节，在他受难前又洁净圣殿。耶稣在耶路撒冷，逾越节期间，度过人生的最后一周。进入耶路撒冷耶稣最后晚餐的地址位于锡安山，紧靠大卫王墓。耶路撒冷老城内还有“苦路”和“苦路十四站”，纪念耶稣背负十字架走向刑场。各各他，就是耶稣被钉十字架的地方，位于今天的圣墓教堂，是老城内最重要的教堂和基督徒朝圣地。约翰福音只是说这地方位于耶路撒冷城外[60]，但最近的考古证据显示各各他位于距离耶路撒冷旧城城墙不远处，就在今天城市范围之内。
圣殿山上的圆顶清真寺：耶路撒冷通常也被认为是伊斯兰教的第三大圣城。在麦加之前，耶路撒冷就是穆斯林祷告的方向。在620年穆罕默德的夜行登霄（穆斯林相信穆罕默德在一个夜里奇迹般的从麦加来到耶路撒冷圣殿山，升到天堂，会见早先的先知们）之后，耶路撒冷长期被穆斯林控制。《古兰经》17章1节记载穆罕默德夜行前往耶路撒冷的事迹今日耶路撒冷圣殿山上2座清真寺都为纪念这一事件——在古兰经中提到的是阿克萨清真寺，而穆斯林相信穆罕默德夜行登霄的登霄石就在圆顶清真寺。
耶路撒冷对于犹太人、穆斯林和基督徒均具有特殊的重要意义，其地位问题仍然悬而未决。三千年前，大卫王在耶路撒冷建都，所罗门在该城建造圣殿。此后，耶路撒冷成古代以色列国的政治中心和宗教中心，在犹太人亡国后，耶路撒冷也一直是犹太民族的精神中心，民族身份的象征。犹太人无论流散到何处，礼拜时总是面向耶路撒冷。在希伯来圣经中，耶路撒冷被提到过700多次。长期以来，耶路撒冷对于犹太人的向心作用，和犹太人对这座城市的迷恋程度是如此之强，以至于无法想象一个没有耶路撒冷的以色列国。
自从7世纪起到1917年，伊斯兰教的阿拉伯帝国和奥斯曼帝国先后管理耶路撒冷长达1000多年。作为伊斯兰教的圣书古兰经比圣经新约晚了600年以上，其中有诸多内容与圣经重合，但却从未直接提到耶路撒冷一词。有后人将古兰经中提到的“远寺”（见古兰经17：1）解释为耶路撒冷的清真寺，并有了穆罕默德跨行几百公里夜行登霄的地点。因此，耶路撒冷被穆斯林认为是第三圣城。耶路撒冷最显著的建筑物，就是圣殿山上的2座清真寺——圆顶清真寺和阿克萨清真寺。穆斯林国家很久就已经将耶路撒冷看成是一个具有特别的宗教和历史意义的城市，绝不愿意放弃。阿拉法特甚至对美国总统克林顿说到，如果他在东耶路撒冷问题上同以色列妥协，他担心自己会遭到暗杀。在以色列国成立以前，耶路撒冷是英属巴勒斯坦托管地的首府。
2017年12月6日，美国总统特朗普宣布承认耶路撒冷为以色列首都。基于耶路撒冷大使馆法，不签署中止令，启动美驻以使馆迁往耶路撒冷的进程。美国在中东的盟国警告，这一举动可能引发大范围动荡。这将是美国总统首次作出这一表态，引发中东多国强烈反对。中东多国警告，此举可能引发“危险后果”，破坏巴以和平进程。美国和以色列在宣布承认耶路撒冷为以色列首都后，谷歌在地图搜索结果中将耶路撒冷显示为以色列的首都。
2017年12月21日联合国22号决议，蓝色国为否定美国立场，橘色未出席，绿色弃权，红色为赞同目前，以色列已经立法确定耶路撒冷是其永久不可分割的首都。而巴勒斯坦民族权力机构也声称未来巴勒斯坦国的首都将设在东耶路撒冷。目前，巴勒斯坦在该市最醒目的正式存在是东方大厦，20世纪末巴勒斯坦解放组织的总部。
2017年12月21日联合国提出22号决议表决，投票前美国政府发出大规模威胁，凡是投反对美国立场票的国家将中断经援，并“记下名字”威胁日后报复，该决议草案强调，耶路撒冷的地位问题必须通过彻底的协商与谈判解决，任何单方国家的政策都没有强制力，任何改变耶路撒冷现状地位或人口形势的决定与行动将没有法律约束、无法生效以及必须回归原状。投票结果128票赞成、9票反对、35票弃权，9票反对中扣除美以自己，只有若干太平洋岛国和非洲小国赞成，安理会常任理事国中除了美国外其余四国反对，之后美国动用否决权，并表示本身的迁移使馆会执行下去。